O autor dos diários, Ford Pines, criou um alfabeto em símbolos para codificar muitas mensagens no livro. Esses símbolos aparecem em várias páginas dos diários, ocultando segredos. O alfabeto tem 23 símbolos, mas as letras Q, X e Z são representadas pelos mesmos símbolos de P, I e B. Essa cifra foi chamada de Cifra de Ford, para diferenciá-la da Cifra Combinada, usada no livro Gravity Falls: Diário 3.
Para decifrar a Cifra de Ford, é preciso conhecer os símbolos e suas respectivas letras. Uma forma de fazer isso é usar uma tabela que mostra a correspondência entre os símbolos e as letras. Por exemplo, o símbolo que parece um círculo com um ponto dentro é a letra A, o símbolo que parece um triângulo com uma linha vertical é a letra B, o símbolo que parece um quadrado com uma linha horizontal é a letra C e assim por diante. Usando essa tabela, é possível substituir os símbolos pelas letras e formar as palavras. Algumas vezes, as palavras podem estar separadas por pontos ou espaços, mas outras vezes podem estar juntas sem nenhum sinal. Nesse caso, é preciso usar o contexto e o senso comum para identificar as palavras. Além disso, é preciso lembrar que as letras Q, X e Z são representadas pelos mesmos símbolos de P, I e B. Isso pode gerar ambiguidade na decodificação, mas geralmente é possível deduzir qual letra é a correta pelo significado da palavra.